Kisah kelam Steins;Gate yang tak terhitung yang dimulai dengan ilmuwan gila eksentrik Okabe, yang berjuang untuk pulih dari upaya gagal menyelamatkan Kurisu. Dia memutuskan untuk menyerah dan meninggalkan alter ego ilmuwannya yang hidup, dalam upaya melupakan masa lalu. Ketika semua tampak normal, ia tampaknya ditarik kembali ke masa lalu dengan bertemu dengan seorang kenalan Kurisu, yang mengatakan kepadanya bahwa mereka telah mulai menguji perangkat yang menyimpan memori manusia dan menciptakan simulasi mereka dengan karakteristik dan kepribadian mereka. . Okabe mulai menguji dan mengetahui bahwa simulasi Kurisu telah membawa kembali penderitaan dan beberapa tragedi baru yang tidak terduga.
Zero adalah cerita sampingan yang mengeksplorasi peristiwa dari masa depan Beta Attractor Field yang berkontribusi dalam mewujudkan akhir cerita aslinya.
